从20世纪90年代起，由于自然补水量减少、城镇建设、工业经济和河套灌区农牧业生产的快速发展，乌梁素海水质日益恶化，生态功能逐步退化。

近年来，内蒙古巴彦淖尔市大力实施综合治理，实现入湖中水全部达标，灌区全面开展控肥、控药、控水、控膜，并连续多年对乌梁素海实施应急性补水。

经过不懈努力的治理，乌梁素海湖区水质稳定在Ⅴ类，局部达到了Ⅳ类，水生态环境稳中向好，生物多样性持续恢复，重现“塞外明珠”美景。